曖昧なアレルギー対応の対処法

現在保育所に勤めており、いくつかの園を担当しております。
半年前に前任の栄養士さんから引き継ぎ、業務を行っているのですがアレルギー対応に問題があると思いながら状況を改善できずにいます。

医師の診断書と保護者の希望する除去内容が異なる場合、どちらを優先すべきなのでしょうか。

提出されている医師の診断書では除去となっているのですが、家では食べられているので提供して欲しいと保護者の方から強い要望がありました。
前任の方の時は一度新たな診断書なしで一部解除して食べていたそうですが、一時症状が悪化したためまた除去対応に戻したようです。
月に一度除去内容の確認をしている時に言われ、解除は診断書があった方が確実だろうと思い、近くに所長がいたため確認しましたが以前も行っていたので良いだろうとその場で一部解除となりました。
別の園の所長からは診断書の内容を遵守すべきと言われるも、「以前は解除できていたのにどうして」と聞かれると思うと、面談時に除去に戻すとも言いにくく、現在も一部除去の状態が続いている状況です。

他にも、診断書には除去となっているが除去されるべき食品を提供している子どもがいます。保護者に話を聞くと医師から家で食べて半年アレルギー症状が見られなければ保護者の判断で解除して良いと言われており、家ではその食品を問題なく食べているため、ということでしたが、随分前からその対応だったことがわかっているので、保護者の要望からの解除だったのだろうと思います。再診により先日新しく頂いた診断書にも今提供している食品は除去するようにという内容でした。
この場合も、もうずっとその対応をしていたのに変更となってしまうと現場の保育士さんや調理師さんまで混乱させてしまいそうだと思うと除去対応に変えられずにいます。

保育所にアレルギー対応のマニュアルはなく、作成するにしても上記のような事例があるのではっきりとしたマニュアルを作成できずにいます。

私は何から始めれば良いのでしょうか。
ご回答をお待ちしております。