書類について

現在、認定こども園で管理栄養士として働いています。
3歳児以上を外部搬入、未満児を自園調理で行なっています。
どちらも委託が行なっているので献立作成は、調理員が行なっており以上児と未満児で献立が違ったため献立表も外部と自園で2個管理。
検食簿などの書類（私が入るまでは、保育士さんが作成していた）も2カ所分を作成し、管理していました。
私が入ってからは、私がたてた献立で委託業者に調理を行なってもらっているためメニューが以上児と未満児で同じものになりました。
しかし、作ってもらっている場所が二カ所のため検食簿などは前のままで二カ所分を管理したほうが良いのでしょうか。
外部と自園の献立の指示書とその他書類を二カ所分用意して、管理するのは大変なので一つにしてもいいのならまとめてしまいたいのですが…
監査でどうなるかが凄く不安です。
どなたかわかる人がおりましたら、教えてほしいです。
よろしくお願いいたします。