障害者授産施設の監査について

こんにちわ。よろしくお願いいたします。

この４月から新規開設の障害者授産施設で作業指導員（栄養士）として働きます。
現在は立ち上げに向けて準備中です。

事業内容としては、知的障害者の方と一緒に昼食の調理・盛り付け（弁当箱に）を行い、出来あがった弁当を近隣に配食します。
ちなみに食数は最大４０食くらいです。

上記の施設は「特定給食施設」には入らないと思うのですが、その場合は保健所の監査は全く入らないのでしょうか？
現場監査はあると思うのですが、私が気がかりなのは書類監査です！
必要な場合、帳簿類の準備をしようと思うのですが…
職員は２名で、もう１人の方が責任者となります。その方は調理師さんで、過去に監査に関する事務仕事をした事がないため、全く分からないと言われました。
上司からは「多分大丈夫」と言われたのですが、もし監査が来た場合には丸投げされそうな雰囲気なので、そういった事態に備えておきたいのです。

監査が入らない場合も、衛生管理のために基本的な帳簿（健康チェック表、温度管理表）などは準備したいと考えているのですが、調理師さんはあまり賛成ではないようです。
（人柄はとてもいい方です。
施設で働いたことがなく、そういった習慣がないため理解を得られないようです。）
私がかたく考えすぎなのでしょうか？

障害者授産施設に勤めていらっしゃる方、またそうでない方も、監査についてのご意見、帳簿についてのご意見などをぜひお伺いしたいです。よろしくお願いいたします。