委託給食です。検便を出していない従業員がいました。

来月監査なので、委託側におまかせしている書類もチェックしたいたところ、新人の従業員が３ヶ月間検便を出していないことが発覚しました。
本人に聞いたところ便秘等の理由でした。
そして、委託の栄養士は毎月全員提出しているかを、今になって今年度分をチェックしていて気づいたそうです。栄養士は産休代替でうちにきて５ヶ月ほどです。
１０数年働いていて検便が揃っていなかったことなんてなかったので、私も確認を怠っていたのですが、こういう場合もちろん指導の対象ですよね？まさか営業停止とかなりますか？