調理員さんのアレルギーに対する考え方について

給食会社でこども園の委託業者として今年の５月より勤務をしています。
現場には私ともう１人栄養士がいますが、他は調理員さんのみです。
勤務状況としては、PCが１台しかないので午後に栄養士業務を隔週で分担していて、午前中はアレルギー食の調理をしています。
医師からの指示がある以上、私としてはコンタミを避ける為アレルギー食の調理中には器具洗浄も含め、アレルゲンには近づきたくありません。アナフィラキシーを持つ園児もいてます。
調理に時間がかかったり、献立によってはバタバタする時があるのは承知の上ですが、それとこれとは話が別でアレルギーに対する考え方は、普通食調理の内容に左右されるべきではないと私は考えています。
それでも、現場の状況から手伝いに入ったりはするべきだと思うのですが、アレルゲンを使用している時はやはりアレルギー食を調理後に、手伝いたいと思っています。
ですが、調理員さんからアレルギー食を『そんなモノ』扱いされ、『普通食調理を手伝って』と言われています。『もう１人の栄養士はやってくれる。』と、言われましたが実際にはその方が『やって』と言うので穏便に済ませる為に彼女は手伝いに入っている状態です。
今まで病院等、アレルギー対応や衛生管理に関しては厳しい現場にいたので、特にそう感じてしまうのかもしれませんが、何の為のアレルギー食なんだろう？って事になりかねません。
今日に至っては、調理業務が終わって調理員さんが帰る際に間違えてなのか、ワザとなのかはわかりませんが私のタイムカードを押してしまったそうで、今日中に献立をたてなくてはいけなかったのですが私服に着替えてからまた厨房に入ってきて上記の話をされ、結局私が出るまで厨房の扉前で待っていて追い出される形で退勤しました。今後もタイムカードを勝手に操作され、栄養士業務に支障が出るようであれば本社の部長に直接相談しようかと思っています。
タイムカードを切ってからのサービス残業などは問題ないですが（公には問題アリですが、私としてはの話です）今のままでは献立を立てる事もできず、ただ時間だけが過ぎてしまい業務がまともにできません。もう１人の栄養士も穏便に済ませたいタイプであり、調理員さんの上司という立場ではないので相談はしますが、部長にも相談しようと考えている私は、少しやり過ぎでしょうか？色んなご意見を承りたいです。