衛生管理について

特養で厨房は全面委託しています。
衛生管理について、各会社マニュアルがあると思うのですが、そのマニュアルの内容について困っています。

あまり詳細に書いて委託会社名が特定されてしまうと困るのでぼやかして書きますが、
・納品温度の許容範囲について、大量衛生調理マニュアルでの保管温度規定から大きく外れている
・調理器具の保管方法について、大量調理衛生マニュアルとは相違がある
など、国の定めている衛生基準から一部逸脱した内容のマニュアルとなっています。
その基準の策定根拠を尋ねたところ、委託会社の本社設置地域の保健所ではその基準でOKが出たからとのこと。

ただ、当施設の地区の保健所ではその内容で指摘を受けています。
その旨、エリアマネージャーや施設長まで巻き込んで改善を求めるための話し合いを開きましたが、「そのような監査員個人的意見と思われる基準を満たすためにこれ以上調理員の手間を取らせられない。この店舗は会社の社内監査でも通っている店舗であり、大きな問題はないはずだ。」との意見で改善はしていただけませんでした。

監査では、会社としてマニュアルはあると思うが、店舗ごとで問題があれば見直しを重ねるべきだ。との助言もいただきましたが、とてもそれができる状況ではありません。こちらが求めすぎなのでしょうか？