何から手をつければ良いか？

70床医療型療養病院に転職しました。長年栄養士不在で食事療養2です。委託会社が入っていますが、委託の栄養士さんは月4回程しか来ません。

書類がずいぶん前に作られたようで、特に院内約束食事せん、食事せん、食品構成表が今の状況に見合っていないので、作り直したいと思っています。

しかし事務長に、食事療養1の申請を先に行い、書類の調整は後からやってほしいと言われました。

私としては、仮に申請が通ったとしても、今の書類ではその後の監査で相当突っ込まれそうで不安なので、きちんと作り上げてからにしたいのです。

皆様に相談したいのは、事務長が言うように先に今の状況で申請し、そのあと少しずつ変更していっても問題ないでしょうか？

わかりにくい文章で申し訳ありませんが、意見を聞かせて頂けたら嬉しいです。
よろしくお願いします。