未開封の常温保存食品について

病院の委託業務をしています。
先日先方の事務方からプレハブ保冷庫に未開封の調味料や米等があることがあり得ないと指摘を受け、隣接する経管保管庫に移動するように指示を受けました。
プレハブ保冷庫に保存する食品が食形態の傾向的に少ないことと、経管保管庫は元来食品庫であったようなのですが現在は経管専用の場所になっていて段ボールが山のように置かれている。
この二点で経管保管庫が衛生的に良いと思えず、また調理員の導線的にもプレハブ保冷庫の方がまだマシだと考えてそこに配置していたのですが指示を受けました。

指示通り常温保存にした方が良いのでしょうか？
また常温保存に切り替える場合、段ボールが多い食品庫にどのように配置すべきなのでしょうか？