冷凍品がダンボールに入っている時はどうしますか。

お疲れ様です。
衛生管理や虫の混入予防の為、ダンボールを冷蔵庫に入れないように指導していますが、忙しい時にこそ業者が来て大量に納品されます。
納品時は中身だけを出していただいているのですが、40個単位でダンボールに入っている納豆だけはそのままプレハブの冷凍庫に入れてしまっています。
1箱40個入りということが分かりやすく積み重ねる事ができるので場所もとらないのですが、これでは矛盾してしまいますよね。
やはり冷凍食品もダンボールから出したほうが良いでしょうか？