アレルギーの代替食について

初めまして。経験豊富な栄養士の皆様に質問です。6月から小学生のアレルギー食対応栄養士として、委託会社に勤務しております。
資格は、20年以上前に取りまして、栄養士の仕事は、今回初めての新米栄養士です。
代替メニューについて、疑問が生じてます。
面接の時、主な仕事は学校の栄養士が、作成した献立に対して、代替メニューを提示し、発注、調理、提供迄お願いしたいとのことでした。(学校の栄養士さんは、巡回型です。)
この代替メニューは、学校の栄養士さんに提示する前に、会社の管理栄養士に提示し、OKがでたら、学校の栄養士さんに、提示する方針になってます。が、私の提示するメニューで一度もOK を頂いたことがありません。まだまだ経験不足の為、仕方がないと思う部分もありますが、一つだけモヤモヤしてます。たんぱく質が、少ないと思うのです。ベーコン抜きのジャーマンポテトや野菜炒め、又は温野菜(味付けなし)。
一度、本社の管理栄養士さんに蛋白質、少なくないですかと聞いてみたのですが、アレルギーは、アレルギー食を摂取させないのが、目的なので栄養面はあまり気にしなくていいとの事でした。　
そうなんでしょうか？
因みに学校の栄養士さんは、代替メニュー気にしません。というかどうでもいいという感じです。
周りに聞ける方がいなくて誰か教えて下さい。

拙い文章になり、申し訳ありませんが、宜しくお願い致します。