給与栄養目標と実際の栄養量について

保育園勤務２年目のものです。先日、２度目の監査を受けました。私の園では、管理ソフトを導入しておらず、すべてPCにて手計算を行っています。今回の監査で、栄養摂取不足が改善されていないと勧告を受けました。園長先生からは今後は指摘されないように、すべて栄養目標量を上回るくらいの献立にしてくださいといわれました。
　１ヶ月分の献立を見直し、トータルで見た結果、３歳以上より未満児の栄養素の不足項目が多い状態です。
この場合は３歳以上児にあわせて不足分を見直した方がいいのでしょうか。

追加情報です。
私が勤務している保育園は、園長先生の方針で朝おやつはありません。その分を昼食やおやつで補う形です。また、既製品は添加物などの観点からほとんど手作りおやつを作っています。
前回の監査から色々食材を増やしてみたり、メニューを見直してみたりはしましたが、そもそも１人分の量が少ない状態でした。それに対し、量が増えたことに「こんなに食べれるの？多くないか」と園長先生から指摘をされていたので、正直どうすればいいかわかりません。

保育園に転職して２年になりますが、これまで研修に参加したことがありません。（保健所の衛生管理についての研修以外）
皆さんの意見を聞きたいです。よろしくお願いします。