小規模施設の保存食に関して

管理栄養士6年目、まだまだ勉強中です。
この度転職をして食数300食/回の病院から、20食程度/回の病院で1人管理栄養士をしています。
私の他には高齢のパート調理員さん（無資格がほとんど）が5名代わる代わる入っています。私の前には栄養士は不在だったようで、転職当初はあまりの衛生管理のなってなさに唖然としました。

・野菜、肉等の区別ながされていない
・温度記録、検収記録していない
・手袋なしで和え物を混ぜ合わせる
・保存食とっていない
・冷蔵庫冷凍庫も小さく設備も整っていない

など。調理員さんたちに失礼のないようにふわっとお願いをし、これまで少しずつ改善してきました。
帳票は準備し記入しはじめて1ヶ月たったので、次のステップで保存食をとってもらおうと思っています。

小規模施設なので大量調理マニュアル通りにしないといけないわけではないですが、出来るところは則って進めたいと思っています。

保存食は「原材料」と「できあがり」を「50g」取ると決められていますが、小規模はその分量取るのも難しいです。管轄の保健所に確認すると「できる範囲で取れるもののみお願いします」との回答でしたが、「できあがりのみを、1食分or50g」でもいいのでしょうか？

本来であれば保健所に詳しく突っ込んで聞くべきところですが、同じような施設でどのような対応されているか知りたいです。よろしくお願いします。