栄養指導のそのあとは？

今年の3月から老人施設より病院の栄養指導だけをすることになり、病院も特定保健指導を始めてたちあげました。
請求業務も私にしてもらいたいといわれ、レセプトもやることになりました。
外来栄養指導の患者さまの内容は、紙カルテに書き電子カルテに取り込むかたちなのですが、その紙カルテの情報を管理するソフトもなく、増え続ける患者情報の整理の仕方が分かりません。
皆さんが使っているソフトがあればアドバイスください