栄養ケア導入について

先月から働き始めた障がい者施設で栄養ケアマネジメントを導入することになり準備を始めようと思っています。しかし働き始めて気になる点がありまして…。当施設では主食や副食の代替えが可能になっていて、利用者さんが自費で買ってきた菓子パンや弁当などを厨房で預かりお膳にセットして出すことが時々あります。それから週1回選択メニューがあり、余った時はおかわりがほしい利用者さんに食べさせています。その為計算上の栄養価とは変わってくるし、制限しないとダメだと思うんですが、先輩栄養士は今までずっとこうやってきたようで。
栄養ケアマネジメントの立ち上げは始めてなので色々考えて不安に思っています。
今まで働いていた高齢者施設ではこういうことはなかったんですが、障がい者にとって色々制限するのは精神上不安定になったりして良くないんでしょうか？