クリニックでの特定保健指導

今年開院したばかりのクリニックに勤務しておりますが、10月から特定保健指導を始めていく話が出ています。
以前は総合病院の健診センターで特定保健指導をした経験がありますが、そこでは健診とセットになったシステムを使用していました。
健診機関ではなく、クリニックで特定保健指導をしていらっしゃる方がいましたら、どのようなシステムを使用しているか教えて下さい。
特定保健指導の為にシステムを導入しているのでしょうか？
電子カルテでは管理出来ないと思うのですが…
システムなど特別に導入しなくても請求等出来るものなのでしょうか？