学校の抜き打ちの衛生検査で異常な数値が出ました。

小学校給食の委託会社で働く管理栄養士です。先日質問させていただきましたが続報が入ったので改めて質問しました。バタバタしてとても返信できる精神状態ではなく、お礼ができず申し訳ありませんでした。学校との信頼関係が破綻しそうなのでここに質問しているのがバレると大変なのでところどころフェイクを混ぜます。先日学校給食法に基づく衛生調査が抜き打ちで入ったのですが、民間企業がした検査結果で、「加熱済み」の提供前の料理から大腸菌がかなりの数、いや異常な数が出ました。O157等ではありませんでしたが、万が一ノロだったら大惨事だ、手洗いの徹底をおろそかにしているのではないかと保健室の医師から言われました。
うちの会社の本社の衛生管理責任者にこの情報と当時の配膳手順を伝えたところ、手洗い不足レベルの域を超えている、しかし手順を聞いた限りではなぜこんな値が出たか推測できない、との見解がでました。
数としては公共の和式トイレの床と同じくらいです。
また、提供から1週間以上経ちますが数百名の児童、教員からは嘔吐や下痢のある者は出ていないそうです。
給食の提供を停止する大事になってしまいましたが、原因が全く分かりません。
保健所に確認をしたところ健康被害が出ていないので検食等の検査はしないが、現場確認や聞き取りくらいはできるとのことで今度確認が入ります。
そこで原因がわからなければ給食が再開できるかもわかりません…
また、採取した（菌が出た）食品は加熱済みの肉で、中心温度が85℃を超えるものを、スチコンから出した直後に、調理員が新たに付け替えたエンボス手袋でつかんで袋に入れました。
その調理員は手洗いはいつもしていますし、うちの会社が調理器具やエンボスの付着菌の検査をしたところ大腸菌は全く出ませんでした。
考えられるのは民間の検査機関の保管方法に何かしら問題があった場合なんですが、そんなはずもないですし本当に理由がわかりません…
またこれは私が完全に悪いのですが、他の日の検食を調べたいと言われて検食を出そうとしたら、一部の調理済み食品の検食がとれていませんでした…人手が足りてないとはいえ余計に学校からの信頼を失うことになってしまい、そこは猛反省しています。
それでも、ここまでの数の大腸菌が検出された原因は何だと思われますか？皆様の力を貸してください。