食物アレルギーを持つ保護者への対応について

学校給食における、食物アレルギー対応について相談です。

今現在、受け持ちの学校に乳のアレルギーの児童がいます。
保護者と学級担任、養護教諭、管理職、調理員の方たち同席の上で、年に1回程度、対応について面談も行っているところです。
医師に記入していただいた、学校生活管理指導票に基づいて給食も実施していますが、
指導票の内容に疑問があります。
乳のアレルギーとの診断をされているようですが、
・牛乳全量(200ml)摂取可
　(就学時健診の時に、保育園でも飲んでいたとの引継ぎがありました。)
・ヨーグルト、チーズそのものの除去
以上が指導票の内容でした。
既製品のデザート類で、乳を使用しているものも除去、と保護者の方からお話があったので今現在は指導票、保護者の意向通りの対応を行っています。
しかし、牛乳は飲めるのに、ヨーグルトとチーズはダメ？加工品の乳成分は？
アイスクリームはどうなんだろう？意地悪かな？とも思いましたが聞いたところ、
アイスクリームは食べらる、パンなどの加工品も食べて大丈夫です、とのお話でした…
お家ではシチューやグラタン(チーズ抜き)なども食べているそうです。

赴任地が地元ではなく、地域の医療事情についても情報が乏しいので、
同じ地区の他の学校の栄養士の方数名にかかりつけの医療機関の評判等伺ったところ、
そこのクリニックは単なる好き嫌いでも指導票を書くよ…とのお話でした。
保護者とお話をしたときにも、お医者さんに苦手なものは無理に食べなくても…
というようなお話をされたと伺っていました。

養護教諭、調理員さんとお話をしたときに、嗜好の問題なら除去や代替えの対応は行わずに給食を出すべきだよねとなり、できるのならば他の医療機関で指導票を出してもらいたい考えています。
そこで保護者に対して、どんなはたらきかけをすればよいか、と思いご相談させていただきました。

長くなってしまいましたが、どうおよろしくお願い致します。