納品される食品の箱は捨てるべき？

衛生マニュアルによるとダンボール等は厨房へ入れず衛生的な容器へ移し替えるとあります。勤めている病院は規模が小さく食数も少ないため家庭用サイズの食品もよく購入します。例えばマーガリンやおろしチューブ類などですが、それらもダンボールではないものの紙製の箱に入っています。こういったものの箱もダンボールと同様な扱いで厨房へ入れないほうが良いのでしょうか？
箱入り食品については原材料等が箱にしか書かれていないものもあるので、今まで開封前後も当然のように箱ごと冷蔵庫に入れていましたが、色々と衛生面を見直している際にふと気になりました。
皆さんはどのように保管しているのでしょうか？