委託の食材費の消費税について教えてください

事業所に提出する納品伝票には消費税をかけることはできないのでしょうか？
私の今までの認識としては
　①メーカーからの買い付け時は、消費税は取れないがもうけはお互い出るような価格の取り決めをする
　②給食会社から各事業所（施設や病院）へもっていく際は、儲けが出るように値段設定をPCに入力　　
　　をして、その中で各事業所は献立を作成し、やりくりをする。金額設定にはお金を産まない部署　　
　　や各事業所に運ぶ車代や人件費なども含める。
　③各事業所から施設や病院側の担当者に提出する納品伝票には消費税をかけた額を提示し、給食会
　　社が納める税金などをここで稼ぐ。
と、思っておりました。

①～③を行いながら、委託業者と施設側がどちらもWinWinの関係となるのが望ましい。
会社の利益が大きくなったとしても、そこは委託側の利用者が満足できる結果であれば、ある程度までなら企業努力として少しくらいの余計な儲けについては目をつむる。その代わり仕様書で書かれていないことでも多少のことならやってもらう…みたいな関係でいるのが望ましいのかなと思っていました。
この③の消費税というのは取ったらダメなんですか？

例えば補助食品などを取り扱う仲介業者であれば、私たちは消費者側となるので、ここに当然消費税はかかってきます。
でも③については消費税をかけてはいけないと法律で決まっている、我々が直接野菜などを購入しているわけではないのだから……と上司に言われました。
確かに給食業者が野菜を購入した直接的な消費者かもしれませんが、それならどこから消費税の分の儲けを出すのか。
給食提供のおおむねの業務（発注業務や献立業務を含む）を委託しているのだから、施設側の代わりにやってくれている、という認識だったので、ある意味当施設も直截な消費者という感覚でした。

私自身はそう思って業務にあたり、チェックを行ってきたのですが、これが間違っていると言われました。法律のことも少し調べてみましたが、今一つとらえ方がよくわかりません。
どなたがご存じの方がいらっしゃいましたら教えて下さい。
※上司は業者の食品を扱う部署から各支店に移動させる場合は消費税をとれないはずで、そこで消費税分をかけて我々に請求していることを考えると、現在黒字経営なわけだから、当然余りが出ているはずだ。②の段階で儲けが出る金額設定をしているのだから、当然最低でも消費税分は施設側が使えるお金であるはず。それを使って、コロナなどで外出ができないから特別食を作ってほしい、と考えているようです。業者は絞るべし！という考え方なのです。私からすればそれでは商いは成り立つのかな、めちゃくちゃな理論だな、と思うのですが、私の感覚が間違っているのでしょうか。