委託の経験のある方、教えて下さい。

委託の経験のある方にお聞きしたいのですが、私の現場は、元々が直営で委託の従業員は全て直営時代の人間のままです。
異動は、人手不足の為、出来ないのと、雇用をした時の契約で従業員に異動の打診はしないという話でになっています。
施設側の意向のみを重んじる主任と、委託会社の意向とで、板挟みになっており、やり難さを感じています。
家庭の事情で、自分自身は異動できません。
契約にはない、毎食の個別対応や契約の値段では到底受けられない食事の引き受け(毎食200円以上オーバーしているなど)や、施設栄養士の指示で、請求の金額を勝手に変えて受ける為等を主任が行う為、請求に矛盾が生じ、きちんと請求が出来ず、会社に相談しなければならなくなります。

その結果、主任も注意を受け、目玉焼きは余計なことをする。と主任には煙たがられ、施設の栄養士からは、私(施設栄養士)に口答えして、私の仕事の邪魔をする。と言われます。

他の社員も黙っておけば会社には、分からないんだから、黙って流されておけば良い。と言いながら、食数が増えてくれば、個別対応が面倒臭い、なんで栄養士、止めなかった。と言われます。
自分の身を守る為には流されておいた方が良いのでしょうか？
どうしたら良いか、分からず、困っています。
エリアマネージャーは、話は聞いてくれるけど、改善する気は無いみたいです。

自分は委託の栄養士で主任はうちの調理主任になります。