診療所で特定保健指導を行うにあたり、付随する事務作業について

診療所勤務の管理栄養士です。

まだ意向調査の段階なので正式に行うことになるか定かではありませんが、
特定保健指導（国保）の委託の話が来ました。
自院で特定健診を受け、特定保健指導の対象となった方に行うようです。

前職で特定保健指導をしていたこともあり、実施できるようになればうれしいなと思う反面、
この診療所でデータ管理や特定保健指導の運営はできるのだろうか？と思い相談させて頂きました。
電子カルテ無し。紙カルテ、健診の結果も紙ベースです。

別添資料より
特定保健指導に付随する事務（一部例）
①特定健診を受診した者のうち、特定保健指導の対象となった者のリスト作成
②①より実施状況の管理
とありました。

実施報告や請求手続きなど他にも大変そうな事務もありそうですが、
まずはこのリスト作成（対象者の抽出＆紙ベース→電子データ）からつまづくのでは？と思っています('_')

診療所や病院で特定保健指導をしている場合どのように管理・運営しているのでしょうか？
紙ベースでもエクセルなどを上手く活用して運営できるのでしょうか…？
ざっくりとした質問で申し訳ありませんが、教えて頂けると嬉しいです。宜しくお願いします。