長時間労働による休憩時間について

特養で直営の管理栄養士をしています。
タイトルにあるように、人員不足で長時間労働を強いられています。
人手不足にもかかわらず本来の休憩時間より厨房業務が早く終わってしまうことが多く、30分から1時間も多く昼休憩をとっています。

上司に相談したところ、別に長時間労働なんだから良いと言われました。
私は休憩時間より早く切り上げられると、管理栄養士業務がやりにくく(事務室と休憩室が同じため)
もう少し休憩時間の見直しをして欲しいと相談しましたが
聞き入れて貰えませんでした。

私自身長時間労働で疲れるし、休憩しても良いと思うのですが
好きな時間に勝手に休憩に入ってしまうのが
業務の妨げになりあまり許せません。

また新たに管理栄養士業務を引継ぎしているのですが、早く入った分休憩を切り上げて教えればいいのか悩みます。
この場合受け入れるしかないのでしょうか…、皆さんはどう思われますか？