医師の指示のもとって

みなさん、教えてください。
栄養指導は医師の指示のもとに行うものだと思うのですが、医師の指示がおかしいと思っても、その指示で行いますか?
うちの消化器内科の医師の指示が、糖質20%以下、塩は精製塩以外のものを使うように、雑穀米を使うように指導するようにというものが多いのです。
話し合って精製塩と雑穀米は指導しなくてよいということになりましたが、糖質20%は譲りません。確かに糖質制限が効果ある時もあると思うのですが、継続させるとなると難しいと思うのです。脂肪肝の患者対象の栄養指導の時にこの指示が多いのですが、やはり医師の指示のもとに指導を行わなくてはならないのでしょうか?